Ngay sau khi giải phóng Philippines, Vịnh Subic được biến thành Đơn vị Hải quân Tiền phương số 6. Đảo Grande được tái chiếm và đồn trú với các đại bác 155 mm và phòng không nhưng chưa bao giờ phát triển để trở thành căn cứ duyên phòng thường trực. Vài năm sau đó, đảo Grande được dùng như một khu giải trí của hạm đội.

Tháng 7 năm 1945 một nhà kho tiếp liệu của hải quân được thiết lập tại Maquinaya, cách căn cứ chính 5 km, cùng với một nhà kho xây dựng căn cứ. Các hoạt động kết hợp đã nâng số nhân sự dân sự lên một đỉnh điểm là 9.000 người năm 1946.

Thị trấn Olongapo được tái thiết như một thị trấn Mỹ. Mặc dù Philippines được trao trả độc lập vào ngày 4 tháng 7 năm 1946, Olongapo vẫn nằm dưới quyền quản trị của Khu dành riêng cho Hải quân Hoa Kỳ Vịnh Subic. Chỉ huy trưởng của Trạm Hải quân cũng là chủ tịch của hội đồng thị trấn, ban giáo dục, ban bệnh viện và các bộ phận điều hành khác.

Ngày 14 tháng 3 năm 1947, Thỏa ước Căn cứ Quân sự được ký kết cho phép Hoa Kỳ mướn 16 căn cứ và khu vực dành cho quân sự bao gồm Vịnh Subic cũng như việc quản trị thị trấn Olongapo một khoảng thời gian là 99 năm.

Chiến tranh Triều Tiên đã cho Hoa Kỳ thấy nhu cầu cho một trạm không quân thuộc hải quân. Đô đốc Arthur W. Radford, Chỉ huy trưởng các Hoạt động của Hải quân, cho xây dựng một trạm không quân của hải quân tại Mũi Cubi (Cubi Point) cách Căn cứ Hải quân Vịnh Subic 5 km. Ông viễn tưởng trạm không quân này như một vạch nối quan trọng trong việc phòng thủ tây nam Thái Bình Dương. Họ đã mất đến 5 năm để xây căn cứ hải quân này.

Cơ sở phương tiện giá trị $100 triệu được đưa vào sử dụng vào ngày 25 tháng 7 năm 1956 và bao gồm trạm không quân và bến đổ tàu kế bên có khả năng cho các hàng không mẫu hạm lớn nhất của hải quân cập bến.

Cùng lúc đó số người Philippines ngày càng gia tăng tại cả Olongapo và Manila bắt đầu kêu gọi tách Olongapo ra khỏi Khu dành riêng cho Hải quân và trao trả lại cho Philippines. Ngày 7 tháng 12 năm 1959 Hoa Kỳ trả Olongapo về chính phủ Philippines.